Это у вас проблемы с настройками программы. Видимо где-то вмешались вручную и сбили нумерацию. Но если навести в этом порядок, то номера там прекрасно формируются и сохраняются. Для налоговиков такое объяснение тоже убедительным не покажется и вызовет лишь дополнительные подозрения (как и у контрагента). Поэтому я вам настоятельно рекомендую как можно скорее разобраться и отладить программу.
Ну а на период, когда программа корректно не работала, придётся специально отражать в учётной политике и отдельно подчёркивать в каждом заключаемом договоре тот факт, что документы заполняются комбинированным способом: все реквизиты, кроме порядкового номера, формируются в программе и распечатываются с помощью принтера, а вот порядковый номер указывается шариковой ручкой. При этом вы, как хозяйствующий субъект и налогоплательщик, обязуетесь обеспечивать полноту учёта всех предъявленных вашим заказчикам документов.
Прямого запрета на такое оформление в ст. 9 402-ФЗ нет. А в ФСБУ "Документы и документооборот в бухгалтерском учете" сказано так:
Цитата: 13. Записи в документах бухгалтерского учета, составляемых на бумажном носителе, должны производиться средствами, обеспечивающими сохранность этих записей в течение срока хранения документов бухгалтерского учета не меньшего, чем установленный статьей 29 Федерального закона "О бухгалтерском учете" (в частности, краской, чернилами, шариковой ручкой). При создании документов бухгалтерского учета на бумажном носителе запрещается производить записи средствами, не обеспечивающими сохранность этих записей (в частности, простым карандашом).
Можете на это ссылаться.